La Malaisie péninsulaire a connu un peuplement très ancien et des civilisations matériellement développées dès les premiers siècles de notre ère. Peu à peu se sont formés deux types d'États: des royaumes intérieurs, fondés sur le contrôle de la terre et le développement de l'agriculture, et des cités-États marchandes le long des côtes, surtout tout le long du détroit entre le continent et l'île de Java.
La formation des États malais : au début du XVe siècle, le prince de Palembang, Parames Wara fonde Malacca, le premier État malais vraiment autonome, en 1402. Le port prend un essor rapide et devient la plateforme principale pour les épices d'Indonésie et le point de rencontre privilégié des navires et des marchands chinois, thaïs, indiens, arabes, javanais. En 1420, l'islam gagne le pays, introduit par des marchands indiens du Gujerat. Depuis Malacca, il s'étend rapidement vers l'est.
L'arrivée des Portugais inaugure une nouvelle ère. En 1511, Malacca est prise et pillée après l'assaut victorieux d'Albuquerque. Désormais, le commerce musulman s'installe de l'autre côté du détroit et enrichit de nouveaux royaumes, qui se jalousent trop pour contribuer utilement à la libération de Malacca. Les Portugais s'y maintiennent jusqu'en 1641, puis cèdent devant les Néerlandais, qui y établissent une contrainte commerciale plus forte que leurs prédécesseurs. À cette époque, la Malaisie est plus qu'un point stratégique de premier ordre sur une grande route de commerce, elle offre également un potentiel intéressant de par ses propres ressources. La population, essentiellement malaise et chinoise, s'accroît rapidement et s'accumule sur les côtes, l'intérieur étant à peu près vide.
Quand les Provinces-Unies tombent sous la tutelle de la France (1795), la domination britannique s'installe sur la Malaisie. Trente ans plus tard, en 1824, les Néerlandais, par le traité de Londres, abandonnent Malacca et tous leurs droits sur la péninsule et sur Singapour aux Britanniques. À partir de 1830, les Britanniques organisent leur implantation : d'abord, par la création des établissements des détroits (Penang, Malacca, Singapour), dont Singapour devient la capitale en 1837 ; puis, en 1874, l'État malais de Perak passe sous protectorat britannique et, en 1896, les quatre États de Perak, Selangor, Negri Sembilan et Pahang sont regroupés pour former une fédération. Enfin, avant 1914, la puissance britannique s'étend sur les États non fédérés : les cinq sultanats de Kelantan, Trengganu, Kedah, Perlis, Johore, et jusqu'au nord de Bornéo avec Sarawak et le sultanat de Brunei. Ainsi, entre 1786 et 1914, par un grignotage qui dura 120 ans, les Britanniques ont donné forme à ce qui deviendra la Malaisie telle qu'elle est connue aujourd'hui.
Le temps des troubles et la stabilisation
L'occupation japonaise a marqué le début d'une période de violences, qui se prolongea au-delà de la fin de la Seconde Guerre mondiale. Conquise en 1941, la Malaisie fut libérée en 1945 et la souveraineté britannique fut rétablie. Mais très vite, une guérilla menée par le parti communiste, particulièrement fort dans la population chinoise, obligea le gouvernement britannique à mener une politique de répression, basée sur le regroupement des paysans chinois afin de les mieux surveiller et associée à des concessions. Celles-ci aboutirent à l'indépendance de 11 États groupés dans la fédération malaise en 1957. Il fallut attendre 1960 pour pouvoir lever un état d'urgence qui durait depuis 12 ans. En 1963, une «Grande Malaisie» fut formée en ajoutant aux États péninsulaires Sabah, Sarawak et Singapour. Ce dernier état cependant mit très vite fin à l'expérience et devint une république indépendante en 1965.
En 1994, Tuanku Jaafar est intronisé dixième roi de la Fédération. Trois ans plus tard, Anwar Ibrahim, vice-Premier ministre et ministre des Finances, devint chef du gouvernement, mais soupçonné de corruption, il fut arrêté et accusé d'atteinte à la sécurité de l'État en 1998. Outre les nombreuses manifestations réprimées par la police, le procès qui suit eu pour effet d'accroître les tensions au sein du gouvernement entre les modernistes, qui soutennaient Anwar Ibrahim, et les partisans de son successeur, Datuk Seri Dr. Mahathir Mohamad, dont les méthodes autoritaires étaient de plus en plus contestées. C'est donc dans un climat social et politique instable que le Sultan Salahuddin Abdul Aziz Shah Alhaj Ibni Almarhum Sultan Hishamuddin Alam Shah Alhaj accèda au trône en 1999. Après son décès en 2001, le sultan Mizan Zainal Abidin de Terengganu lui succèda.